Ο Αλχημιστής είναι ένα μυθιστόρημα γραμμένο σε δύο μέρη και έναν επίλογο. Στρέφεται γύρω από έναν ανδαλουσιανό βοσκό που ονομάζεται Σαντιάγο και αναζητά τον προσωπικό του θρύλο, ο οποίος τον παίρνει από το χωριό του στις πυραμίδες της Αιγύπτου. Στα ταξίδια του συναντά μια σειρά από χαρακτήρες που είτε βοηθούν άμεσα είτε διδάσκουν ένα πολύτιμο μάθημα από το παράδειγμα.
Ο Μελχιδεξέκ και ο αλχημιστής γίνονται μέντορες, ενώ ο Άγγλος δίνει και το παράδειγμα του τι συμβαίνει αν ελπίζετε να αποκτήσετε γνώση κυρίως από τα βιβλία, και ο κρύσταλλος έμπορος του δείχνει το είδος της ζωής που οδηγεί αν κάποιος δεν προσέξει ένα Προσωπικό Θρύλος. Ο Αλχημιστής βρίσκεται σε ένα σύμπαν όπου κάθε ύφος έχει το δικό του προσωπικό μύθο και όπου ο κόσμος έχει μια ψυχή, την οποία μοιράζονται τα πάντα, από τα ζωντανά όντα μέχρι την τραχιά ύλη.
Μέρος πρώτο
Ο Σαντιάγο είναι ένας νεαρός βοσκός από την Ανδαλουσία και είναι ευτυχής για ένα επερχόμενο ταξίδι σε μια πόλη όπου ήταν το προηγούμενο έτος, καθώς γνώρισε ένα κορίτσι με τον οποίο είχε εμπλακεί. Είναι η κόρη ενός εμπόρου που αγοράζει μαλλί από αυτόν, έναν άνθρωπο με θέματα εμπιστοσύνης που απαιτεί από το Σαντιάγκο να κόψει τα πρόβατά του μπροστά του για να αποφύγει οποιαδήποτε απάτη. Αυτός κοιμάται σε μια εγκαταλελειμμένη εκκλησία, όπου έχει ένα επαναλαμβανόμενο όνειρο που περιλαμβάνει την θέα των πυραμίδων. Όταν το εξηγεί σε μια τσιγγάνα, την ερμηνεύει αρκετά απλά, λέγοντας ότι πρέπει πράγματι να ταξιδέψει στην Αίγυπτο για να βρει έναν θαμμένο θησαυρό. Στην αρχή διστάζει επειδή απολαμβάνει τη ζωή του ως βοσκός και έπρεπε να πάει ενάντια στη βούληση των γονιών του να το ακολουθήσουν, αφού ήθελαν να γίνει ιερέας.
Τότε τρέχει σε έναν γέρο ο οποίος ονομάζεται Melchizedek, ο οποίος εξηγεί την έννοια του "Προσωπικού μύθου", η οποία είναι η προσωπική εκπλήρωση που ο καθένας είναι υποχρεωμένος να ακολουθήσει. Είναι αυτό που πάντα θέλατε να ολοκληρώσετε. Όλοι, όταν είναι νέοι, ξέρουν τι είναι ο Προσωπικός τους θρύλος. "Του λέει ότι πρέπει να ακούσει τους ομώνυμους για να βρει και του δίνει δύο μαγικές πέτρες, το Urim και το Thummim, που απαντούν «ναι» και «όχι» στις ερωτήσεις που δεν μπορεί να βρει απάντηση ο ίδιος.
Το Σαντιάγκο καταφέρνει να φτάσει στο Ταγγέρη μετά από να πουλήσει τα πρόβατά του, αλλά κάποτε εκεί, ληστέθηκε από όλα τα χρήματά του από έναν άνθρωπο που του είπε ότι θα μπορούσε να τον οδηγήσει στις πυραμίδες. Αυτό δεν τον πάγωμα πάρα πολύ, καθώς αρχίζει να εργάζεται για έναν κρύσταλλο έμπορο, ενισχύοντας πραγματικά την επιχειρηματική δραστηριότητα του εργοδότη του με τις έξυπνες ιδέες του. Ο κρύσταλλος έμπορος χρησιμοποίησε τον ίδιο τον Προσωπικό θρύλο, κάνοντας προσκύνημα στη Μέκκα, αλλά παραιτήθηκε από αυτό.
Μέρος δεύτερο
Μόλις ο Σαντιάγο κάνει αρκετά χρήματα, δεν είναι σίγουρος τι να κάνει. Έχουν περάσει έντεκα μήνες και δεν είναι σίγουρος αν θα πρέπει να επιστρέψει στην Ανδαλουσία για να αγοράσει πρόβατα με τα κέρδη του ή να προχωρήσει στην αναζήτηση του. Εντάσσεται τελικά σε ένα τροχόσπιτο για να ταξιδέψει στις πυραμίδες. Εκεί, συναντά έναν συνάνθρωπο ταξιδιώτη, γνωστό ως Άγγλο, ο οποίος χτυπάει στην αλχημεία. Ο ίδιος κατευθύνεται στην όαση Al-Fayoum για να συναντήσει έναν αλχημιστή, καθώς ελπίζει να μάθει πώς να μετατρέψει οποιοδήποτε μέταλλο σε χρυσό. Καθώς ταξιδεύει στην έρημο, το Santiago μαθαίνει πώς να έρθετε σε επαφή με την ψυχή του κόσμου.
Οι πόλεμοι σιγοβράζουν στην έρημο, οπότε το καραβάνι παραμένει στην όαση προς το παρόν. Ο Santiago αποφασίζει να βοηθήσει τον Άγγλο να βρει τον αλχημιστή. Η πηγή πληροφοριών τους είναι η Φατιμά, ένα κορίτσι που συναντά καθώς συλλέγει νερό από το πηγάδι και με το οποίο ερωτεύεται αμέσως. Προτείνει τον γάμο μαζί της και συναινεί, εφόσον ολοκληρώσει την αναζήτησή του. Είναι μια "ερημική γυναίκα" που μπορεί να διαβάσει τα όντα και γνωρίζει ότι όλοι πρέπει να φύγουν πριν επιστρέψουν.
Αφού αποδράσει στην έρημο, το Σαντιάγκο έχει ένα όραμα, με την ευγένεια δύο γερακιών να επιτίθενται εναντίον του άλλου, της όασης που δέχεται επίθεση. Η επίθεση μιας όασης είναι παραβίαση των κανόνων της ερήμου, επομένως την συνδέει με τους οπλαρχηγούς, αλλά λένε ότι θα πρέπει να πληρώσει με τη ζωή του αν η όαση δεν καταλήξει να επιτεθεί. Σύντομα μετά από αυτό το όραμα, συναντά έναν ξένο που φορά μαύρα γόνατα που κάθεται πάνω σε ένα άσπρο άλογο που αποκαλύπτει ότι είναι ο αλχημιστής.
Η όαση δέχεται επίθεση, και χάρη στην προειδοποίηση του Σαντιάγο, οι κάτοικοι είναι σε θέση να νικήσουν τους επιδρομείς. Αυτό δεν περνά απαρατήρητο από τον αλχημιστή ο οποίος, με τη σειρά του, αποφασίζει να συμβουλεύει το Σαντιάγο και να τον βοηθήσει να φτάσει στις πυραμίδες. Ωστόσο, σύντομα θα συλληφθούν από μια άλλη ομάδα πολεμιστών στην έρημο. Ο αλχημιστής λέει στο Σαντιάγο ότι, για να προχωρήσει με το ταξίδι, θα πρέπει να γίνει ο άνεμος.
Όντας όλο και περισσότερο εξοικειωμένος με την ψυχή του κόσμου, το Santiago επικεντρώνεται στην έρημο και τελικά καταφέρνει να γίνει ο άνεμος. Αυτό φοβίζει τους κατακτητές, οι οποίοι απελευθερώνουν αμέσως τον ίδιο και τον αλχημιστή.
Καταλήγουν σε ένα μοναστήρι, όπου ο αλχημιστής μετατρέπει κάποιο μόλυβδο σε χρυσό και το χωρίζει. Το ταξίδι του σταματά εδώ, καθώς πρέπει να επιστρέψει στην όαση, αλλά το Σαντιάγο προχωρά και τελικά φτάνει στις πυραμίδες. Ξεκινάει να σκάβει στον τόπο που ονειρευόταν για να βρει τον θησαυρό του, αλλά είναι έτοιμος από επιδρομείς και παίρνει έναν σοβαρό ξυλοδαρμό. Ένας από τους επιδρομείς, όταν έψαχνε για το τι κάνει το Σαντιάγο εκεί, τον περιφρονεί για το όνειρό του, αναφέροντας αυτό είχε ένα όνειρο για έναν θησαυρό που θάφτηκε από μια εγκαταλελειμμένη εκκλησία στην Ισπανία και ότι δεν ήταν αρκετά ηλίθιο για να ακολουθήσει το.
Επίλογος
Αυτό δίνει στο Santiago την απάντηση που έψαχνε. Μόλις επέστρεψε στην εκκλησία στην Ισπανία, εξέτισε αμέσως τον θησαυρό, θυμάται ότι οφείλει ένα κλάσμα της στην τσιγγάνικη γυναίκα και αποφασίζει να επανενωθεί με τη Φατιμά.