Η πρώτη επαφή μεταξύ των δύο χωρών ήταν μέσω εμπόρων και εξερευνητών. Αργότερα στα μέσα της δεκαετίας του 1800 αρκετοί εκπρόσωποι από τις Η.Π.Α. ταξίδεψαν στην Ιαπωνία για να διαπραγματευτούν εμπορικές συμφωνίες, συμπεριλαμβανομένου του Commodore Matthew Perry το 1852, ο οποίος διαπραγματεύτηκε πρώτη συνθήκη εμπορίου και το Σύμβαση του Kanagawa. Ομοίως, μια ιαπωνική αντιπροσωπεία ήρθε στις ΗΠΑ το 1860 με την ελπίδα να ενισχύσει τις διπλωματικές και εμπορικές σχέσεις μεταξύ των δύο χωρών.
ΔΕΥΤΕΡΟΣ ΠΑΓΚΟΣΜΙΟΣ ΠΟΛΕΜΟΣ είδε τις χώρες να έρχονται αντιμέτωποι ο ένας με τον άλλον αφού οι Γιαπωνέζοι βομβάρδιζαν την αμερικανική ναυτική βάση στο Περλ Χάρμπορ της Χαβάης το 1941. Ο πόλεμος τελείωσε το 1945, αφού η Ιαπωνία υπέστη τεράστιες αιτίες από την ατομικό βομβαρδισμό της Χιροσίμα και του Ναγκασάκι και του πυρκαγιά του Τόκιο.
Στις 14 Αυγούστου 1945, η Ιαπωνία παραδόθηκε, οδηγώντας σε κατοχή από τις νικηφόρες Συμμαχικές δυνάμεις. Μόλις αποκτήσει τον έλεγχο της Ιαπωνίας, ο Πρόεδρος των ΗΠΑ Χάρι Τρούμαν
διορίζονται γενικά Douglas MacArthur ως Ανώτατος Διοικητής των Συμμαχικών Δυνάμεων στην Ιαπωνία. Οι συμμαχικές δυνάμεις εργάστηκαν για την ανασυγκρότηση της Ιαπωνίας, καθώς και για την εδραίωση της πολιτικής νομιμότητας, στέλνοντας δημόσια την πλευρά του αυτοκράτορα Χιροχίτο. Αυτό επέτρεψε MacArthur να εργάζονται στο πλαίσιο του πολιτικού συστήματος. Μέχρι το τέλος του 1945, περίπου 350.000 αμερικανοί στρατιώτες βρίσκονταν στην Ιαπωνία και εργάζονταν σε μια μεγάλη ποικιλία έργων.Κάτω από τον έλεγχο των συμμάχων, η Ιαπωνία ανέλαβε μια αξιοσημείωτη μεταμόρφωση που χαρακτηρίζεται από το νέο σύνταγμα της Ιαπωνίας η οποία υπογράμμισε τις δημοκρατικές αρχές, τις εκπαιδευτικές και οικονομικές μεταρρυθμίσεις και την αποστρατιωτικοποίηση που ενσωματώθηκε στο νέο ιαπωνικό σύνταγμα. Καθώς έγιναν οι μεταρρυθμίσεις, ο MacArthur μετατόπισε σταδιακά τον πολιτικό έλεγχο στους Ιάπωνες, με αποκορύφωμα τη Συνθήκη του Σαν Φρανσίσκο του 1952, η οποία έληξε επίσημα την κατοχή. Αυτό το πλαίσιο ήταν η αρχή μιας στενής σχέσης μεταξύ των δύο χωρών που διαρκεί μέχρι σήμερα.
Η περίοδος μετά τη συνθήκη του Σαν Φρανσίσκο χαρακτηρίστηκε από στενή συνεργασία μεταξύ των δύο χώρες, με 47.000 Αμερικανούς στρατιωτικούς να παραμένουν στην Ιαπωνία κατόπιν πρόσκλησης των Ιάπωνων κυβέρνηση. Η οικονομική συνεργασία παίζει επίσης σημαντικό ρόλο στις σχέσεις με τις ΗΠΑ, παρέχοντας στην Ιαπωνία σημαντικά ποσά βοήθειας στις μεταπολεμικές περιόδους καθώς η Ιαπωνία έγινε σύμμαχος στην Ψυχρός πόλεμος. Η εταιρική σχέση είχε ως αποτέλεσμα την επανεμφάνιση της ιαπωνικής οικονομίας, η οποία παραμένει μια από τις ισχυρότερες οικονομίες της περιοχής.