Πολλές ενώσεις καθαρίζονται με κρυστάλλωση από ένα υδατικό διάλυμα. Ο κρύσταλλος αποκλείει πολλούς ρύπους, ωστόσο, το νερό μπορεί να χωρέσει εντός του κρυσταλλικού πλέγματος χωρίς χημική σύνδεση με το κατιόν της ένωσης. Η εφαρμογή θερμότητας μπορεί να οδηγήσει σε αυτό το νερό, αλλά η διαδικασία συνήθως καταστρέφει την κρυσταλλική δομή. Αυτό είναι καλό, εάν ο στόχος είναι να αποκτήσετε μια καθαρή ένωση. Μπορεί να είναι ανεπιθύμητο όταν αναπτύσσονται κρύσταλλοι για κρυσταλλογραφία ή για άλλους σκοπούς.
Μερικές φορές οι δύο μορφές συνδυάζονται. Για παράδειγμα, [Cu (Η2Ο)4]ΕΤΣΙ4· H2Ο μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να περιγράψει το νερό της κρυστάλλωσης του θειικού χαλκού (II).
Το νερό είναι ένα μικρό, πολικό μόριο που ενσωματώνεται εύκολα στα κρυσταλλικά πλέγματα, αλλά δεν είναι ο μόνος διαλύτης που βρίσκεται σε κρυστάλλους. Στην πραγματικότητα, οι περισσότεροι διαλύτες παραμένουν, σε μεγαλύτερο ή μικρότερο βαθμό, στον κρύσταλλο. Ένα κοινό παράδειγμα είναι το βενζόλιο. Προκειμένου να ελαχιστοποιηθεί η επίδραση ενός διαλύτη, οι χημικοί συνήθως προσπαθούν να απομακρυνθούν όσο το δυνατόν περισσότερο με εκχύλιση υπό κενό και μπορεί να θερμαίνουν ένα δείγμα για να απομακρύνουν τον υπολειμματικό διαλύτη. Η κρυσταλλογραφία ακτίνων Χ μπορεί συχνά να ανιχνεύει διαλύτη εντός ενός κρυστάλλου.