Καθώς η ζωή στη Γη άρχισε να υφίσταται εξέλιξη και γίνεσαι πιο περίπλοκος, τόσο πιο απλός τύπος κυττάρου που ονομάζεται προκαρυώτης υπέστη αρκετές αλλαγές για μεγάλο χρονικό διάστημα για να γίνουν ευκαρυωτικά κύτταρα. Οι ευκαρυώτες είναι πιο περίπλοκοι και έχουν πολλά περισσότερα μέρη από τους προκαρυωτικούς. Χρειάστηκαν αρκετά μεταλλάξεις και επιζών ΦΥΣΙΚΗ ΕΠΙΛΟΓΗ για να εξελιχθούν οι ευκαρυωτικοί και να διαδοθούν
Οι επιστήμονες πιστεύουν ότι το ταξίδι από τους προκαρυώτες στους ευκαρυώτες ήταν αποτέλεσμα μικρών αλλαγών στη δομή και τη λειτουργία για πολύ μεγάλες χρονικές περιόδους. Υπάρχει μια λογική εξέλιξη της αλλαγής ώστε αυτά τα κελιά να γίνουν πιο περίπλοκα. Μόλις είχαν δημιουργηθεί ευκαρυωτικά κύτταρα, τότε θα μπορούσαν να αρχίσουν να σχηματίζουν αποικίες και τελικά πολυκυτταρικούς οργανισμούς με εξειδικευμένα κύτταρα.
Οι περισσότεροι μονοκύτταροι οργανισμοί έχουν κυτταρικό τοίχωμα γύρω από τις μεμβράνες του πλάσματος για να τους προστατεύσουν από περιβαλλοντικούς κινδύνους. Πολλά προκαρυωτικά, όπως ορισμένοι τύποι βακτηρίων, εγκλείονται επίσης από ένα άλλο προστατευτικό στρώμα που τους επιτρέπει επίσης να κολλήσουν στις επιφάνειες. Τα περισσότερα προκαρυωτικά απολιθώματα από το
Προκαμπριακό χρονικό διάστημα είναι βακίλια, ή σε σχήμα ράβδου, με πολύ σκληρό κυτταρικό τοίχωμα που περιβάλλει τον προκαρυώτη.Ενώ ορισμένα ευκαρυωτικά κύτταρα, όπως τα φυτικά κύτταρα, εξακολουθούν να έχουν κυτταρικά τοιχώματα, πολλά όχι. Αυτό σημαίνει ότι κάποια στιγμή κατά την εξελικτική ιστορία του προκαρυώτης, τα τοιχώματα των κυττάρων πρέπει να εξαφανιστούν ή τουλάχιστον να γίνουν πιο εύκαμπτα. Ένα εύκαμπτο εξωτερικό όριο σε ένα κελί του επιτρέπει να επεκτείνεται περισσότερο. Τα ευκαρυωτικά είναι πολύ μεγαλύτερα από τα πρωτόγονα προκαρυωτικά κύτταρα.
Τα εύκαμπτα όρια των κυψελών μπορούν επίσης να κάμπτονται και να διπλώνονται για να δημιουργήσουν μεγαλύτερη επιφάνεια. Ένα κελί με μεγαλύτερη επιφάνεια είναι πιο αποτελεσματικό στην ανταλλαγή θρεπτικών ουσιών και απορριμμάτων με το περιβάλλον του. Είναι επίσης ένα όφελος για την είσοδο ή την αφαίρεση ιδιαίτερα μεγάλων σωματιδίων χρησιμοποιώντας ενδοκύτωση ή εξωκυττάρωση.
Οι δομικές πρωτεΐνες μέσα σε ένα ευκαρυωτικό κύτταρο ενώνονται για να δημιουργήσουν ένα σύστημα γνωστό ως κυτταροσκελετός. Ενώ ο όρος "σκελετός" γενικά θυμίζει κάτι που δημιουργεί τη μορφή ενός αντικειμένου, ο κυτταροσκελετός έχει πολλές άλλες σημαντικές λειτουργίες μέσα σε ένα ευκαρυωτικό κύτταρο. Όχι μόνο τα μικροφίλμ, οι μικροσωληνίσκοι και οι ενδιάμεσες ίνες βοηθούν στη διατήρηση του σχήματος του κυττάρου, αλλά χρησιμοποιούνται ευρέως σε ευκαρυωτικά μίτωσις, μετακίνηση θρεπτικών ουσιών και πρωτεϊνών, και αγκύρωση οργανικών στη θέση τους.
Κατά τη διάρκεια της μίτωσης, οι μικροσωληνίσκοι σχηματίζουν τον άξονα που τραβά το χρωμοσώματα χωρίζει και τα διανέμει εξίσου στα δύο θυγατρικά κύτταρα που προκύπτουν μετά τη διάσπαση του κυττάρου. Αυτό το μέρος του κυτταροσκελετού προσκολλάται στα αδελφή χρωματοειδή στο κεντρομερές και τα διαχωρίζει ομοιόμορφα, έτσι ώστε κάθε κύτταρο που προκύπτει είναι ένα ακριβές αντίγραφο και περιέχει όλα τα γονίδια που χρειάζεται για να επιβιώσει.
Τα μικροφίλμ βοηθούν επίσης τους μικροσωληνίσκους να μετακινούν θρεπτικά συστατικά και απόβλητα, καθώς και νέες πρωτεΐνες, σε διάφορα μέρη του κυττάρου. Οι ενδιάμεσες ίνες διατηρούν τα οργανίδια και άλλα μέρη των κυττάρων στη θέση τους αγκυρώνοντάς τα εκεί που πρέπει να είναι. Ο κυτταροσκελετός μπορεί επίσης να σχηματίσει μαστίγια για να μετακινήσει το κελί.
Παρόλο που τα ευκαρυωτικά είναι τα μόνα είδη κυττάρων που έχουν κυτταροσκελετούς, τα προκαρυωτικά κύτταρα έχουν πρωτεΐνες που είναι πολύ κοντά στη δομή με αυτές που χρησιμοποιούνται για τη δημιουργία του κυτταροσκελετού. Πιστεύεται ότι αυτές οι πιο πρωτόγονες μορφές των πρωτεϊνών υπέστησαν μερικές μεταλλάξεις που τις έκαναν να ομαδοποιηθούν και να σχηματίσουν τα διαφορετικά κομμάτια του κυτταροσκελετού.
Η ευρύτερα χρησιμοποιούμενη αναγνώριση ενός ευκαρυωτικού κυττάρου είναι η παρουσία ενός πυρήνα. Η κύρια δουλειά του πυρήνα είναι να στεγάσει το DNAή γενετικές πληροφορίες του κυττάρου. Σε προκαρυώτη, το DNA βρίσκεται ακριβώς στο κυτόπλασμα, συνήθως σε σχήμα ενός δακτυλίου. Οι ευκαρυώτες έχουν DNA μέσα σε ένα πυρηνικό περίβλημα που είναι οργανωμένο σε διάφορα χρωμοσώματα.
Μόλις το κύτταρο είχε εξελιχθεί ένα εύκαμπτο εξωτερικό όριο που θα μπορούσε να κάμπτει και να διπλώνει, πιστεύεται ότι ο δακτύλιος DNA του προκαρυώτη βρέθηκε κοντά σε αυτό το όριο. Καθώς κάμπτεται και διπλώνεται, περιβάλλει το DNA και τσίμπησε για να γίνει ένας πυρηνικός φάκελος που περιβάλλει τον πυρήνα όπου το DNA προστατεύεται τώρα.
Με την πάροδο του χρόνου, το μονό δαχτυλίδι DNA εξελίχθηκε σε μια σφιχτή πληγή δομή που τώρα ονομάζουμε χρωμόσωμα. Ήταν μια ευνοϊκή προσαρμογή, ώστε το DNA να μην μπερδεύεται ή να χωρίζεται άνισα κατά τη διάρκεια της μίτωσης ή της μύωσης. Τα χρωμοσώματα μπορούν να χαλαρώσουν ή να καταλήξουν ανάλογα με το στάδιο του κυτταρικού κύκλου.
Τώρα που εμφανίστηκε ο πυρήνας, άλλα συστήματα εσωτερικής μεμβράνης όπως το ενδοπλασματικό δίκτυο και η συσκευή Golgi εξελίχθηκαν. Ριβοσώματα, η οποία ήταν μόνο της ελεύθερης πλωτής ποικιλίας στα προκαρυωτικά, τώρα αγκυροβόλησε σε μέρη του ενδοπλασματικού προγράμματος για να βοηθήσει στη συναρμολόγηση και την κίνηση των πρωτεϊνών.
Με ένα μεγαλύτερο κύτταρο έρχεται η ανάγκη για περισσότερα θρεπτικά συστατικά και την παραγωγή περισσότερων πρωτεϊνών μέσω μεταγραφής και μετάφρασης. Μαζί με αυτές τις θετικές αλλαγές έρχεται το πρόβλημα των περισσότερων αποβλήτων μέσα στο κελί. Η εναρμόνιση με τη ζήτηση για την απαλλαγή των αποβλήτων ήταν το επόμενο βήμα στην εξέλιξη του σύγχρονου ευκαρυωτικού κυττάρου.
Το εύκαμπτο όριο των κυττάρων είχε πλέον δημιουργήσει όλα τα είδη πτυχών και θα μπορούσε να τσιμπήσει όπως απαιτείται για να δημιουργήσει κενού για να φέρει σωματίδια μέσα και έξω από το κελί. Είχε επίσης κάτι σαν κελί συγκράτησης για προϊόντα και απόβλητα που έκανε το κελί. Με την πάροδο του χρόνου, μερικά από αυτά τα κενοτόπια ήταν σε θέση να συγκρατήσουν ένα πεπτικό ένζυμο που θα μπορούσε να καταστρέψει παλιά ή τραυματισμένα ριβοσώματα, λανθασμένες πρωτεΐνες ή άλλους τύπους αποβλήτων.
Τα περισσότερα από τα μέρη του ευκαρυωτικού κυττάρου κατασκευάστηκαν μέσα σε ένα μόνο προκαρυωτικό κύτταρο και δεν απαιτούσαν αλληλεπίδραση άλλων μεμονωμένων κυττάρων. Ωστόσο, οι ευκαρυώτες έχουν μερικά πολύ εξειδικευμένα οργανίδια που θεωρούνταν κάποτε τα δικά τους προκαρυωτικά κύτταρα. Τα πρωτόγονα ευκαρυωτικά κύτταρα είχαν την ικανότητα να καταπιούν τα πράγματα μέσω της ενδοκυττάρωσης, και μερικά από τα πράγματα που μπορεί να έχουν καταλάβει φαίνεται να είναι μικρότερα προκαρυωτικά.
Γνωστό ως το Ενδοσυμιωτική θεωρία, Λιν Μάργκλης πρότεινε ότι τα μιτοχόνδρια, ή το τμήμα του κυττάρου που κάνει αξιοποιήσιμη ενέργεια, ήταν κάποτε προκαρυώτης που καταπιέστηκε, αλλά δεν αφομοιώθηκε, από τον πρωτόγονο ευκαρυώτη. Εκτός από την παραγωγή ενέργειας, τα πρώτα μιτοχόνδρια πιθανώς βοήθησαν το κύτταρο να επιβιώσει από τη νεότερη μορφή της ατμόσφαιρας που περιλάμβανε τώρα οξυγόνο.
Μερικοί ευκαρυώτες μπορούν να υποστούν φωτοσύνθεση. Αυτά τα ευκαρυωτικά έχουν ένα ειδικό οργανικό που ονομάζεται χλωροπλάστη. Υπάρχουν ενδείξεις ότι ο χλωροπλάστης ήταν προκαρυώτης που ήταν παρόμοιος με ένα γαλαζοπράσινο άλγη που κατακλύστηκε σαν τα μιτοχόνδρια. Μόλις ήταν μέρος του ευκαρυώτη, ο ευκαρυώτης μπορούσε πλέον να παράγει τη δική του τροφή χρησιμοποιώντας το φως του ήλιου.