Οι συνθήκες που συνέλαβαν στρατιώτες της Ένωσης υπέμειναν στη Συνομοσπονδία Φυλακή Άντερσονβιλ ήταν τρομακτικά. Κατά τη διάρκεια των 18 μηνών που λειτουργούσε η φυλακή, πέθαναν σχεδόν 13.000 στρατιώτες της Ένωσης υποσιτισμός, ασθένεια και έκθεση στα στοιχεία λόγω απάνθρωπης μεταχείρισης από τον διοικητή του Άντερσονβιλ Χένρι Γουρζ. Επομένως, δεν πρέπει να προκαλεί έκπληξη το γεγονός ότι η δίωξή του για εγκλήματα πολέμου μετά την παράδοση του Νότου είναι η πιο γνωστή δίκη που προκύπτει από Εμφύλιος πόλεμος. Αλλά δεν είναι τόσο γνωστό ότι υπήρχαν σχεδόν χίλιες άλλες στρατιωτικές διώξεις των Συνομοσπονδιών. Πολλά από αυτά οφείλονταν στην κακομεταχείριση των συλληφθέντων στρατιωτών της Ένωσης.
Χένρι Γουρζ
Ο Henry Wirz ανέλαβε τη διοίκηση της φυλακής Andersonville στις 27 Μαρτίου 1864, περίπου ένα μήνα μετά την άφιξη των πρώτων κρατουμένων. Μία από τις πρώτες πράξεις του Wirz ήταν να δημιουργήσει μια περιοχή που ονομάζεται φράχτη νεκρών γραμμών, με σκοπό να αυξήσει την ασφάλεια διατηρώντας τους κρατούμενους μακριά από το τείχος. Οποιοσδήποτε φυλακισμένος που διέσχισε τη «νεκρή γραμμή» υπόκειται σε πυροβολισμό από τους φρουρούς της φυλακής. Κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Wirz ως διοικητής, χρησιμοποίησε απειλές για να κρατήσει τους κρατούμενους σε σειρά. Όταν οι απειλές δεν φαινόταν να λειτουργούν, ο Wirz διέταξε φυλάκια να πυροβολήσουν κρατούμενους. Σε
Μάιος 1865, Ο Wirz συνελήφθη στο Andersonville και μεταφέρθηκε στο Ουάσιγκτον. να περιμένω δίκη. Ο Wirz δικάστηκε για συνωμοσία για να τραυματίσει και / ή να σκοτώσει τους συλληφθέντες στρατιώτες, αρνούμενοι εσφαλμένα την πρόσβαση σε τρόφιμα, ιατρικά είδη και ρούχα. Κατηγορήθηκε επίσης για δολοφονία για την προσωπική εκτέλεση ορισμένων κρατουμένων.Περίπου 150 μάρτυρες κατέθεσαν κατά του Wirz στη στρατιωτική του δίκη, η οποία διήρκεσε από τις 23 Αυγούστου έως τις 18 Οκτωβρίου 1865. Αφού κρίθηκε ένοχος για όλες τις κατηγορίες εναντίον του, ο Wirz καταδικάστηκε σε θάνατο και απαγχονίστηκε στις 10 Νοεμβρίου 1865.
Τζέιμς Ντάνκαν
Ο Τζέιμς Ντάνκαν ήταν ένας άλλος αξιωματικός από τη φυλακή του Άντερσονβιλ, ο οποίος συνελήφθη επίσης. Ο Ντάνκαν, ο οποίος είχε ανατεθεί στο γραφείο του τριμήνου, καταδικάστηκε για ανθρωποκτονία για σκόπιμη κράτηση φαγητού από τους κρατούμενους. Καταδικάστηκε σε 15 χρόνια σκληρής εργασίας, αλλά διέφυγε αφού εκτίμησε μόνο ένα έτος της ποινής του.
Champ Ferguson
Στην αρχή του εμφυλίου πολέμου, ο Champ Ferguson ήταν αγρότης στο Ανατολικό Τενεσί. Ο πληθυσμός αυτής της περιοχής ήταν αρκετά ισάξιος μεταξύ της στήριξης της Ένωσης και της Συνομοσπονδίας. Ο Φέργκιουσον οργάνωσε μια αντάρτικη εταιρεία που επιτέθηκε και σκότωσε συμπατριώτες της Ένωσης. Ο Ferguson ενήργησε επίσης ως ανιχνευτής για τον συνταγματάρχη Ιππικό του Κεντάκι του John Hunt Morgan, και ο Μόργκαν προήγαγε τον Φέργκιουσον στη θέση του καπετάνιου της Παρτιζάν Ρέιντζερ. Το Συνομοσπονδιακό Κογκρέσο ψήφισε ένα μέτρο που ονομάζεται Partisan Ranger Act, το οποίο επέτρεπε την πρόσληψη παρατυπιών σε υπηρεσία. Πρέπει να σημειωθεί ότι λόγω της έλλειψης πειθαρχίας μεταξύ των Partisan Rangers, στρατηγός Ρόμπερτ Ε. Υπήνεμος ζήτησε την κατάργηση του νόμου από το Συνομοσπονδιακό Συνέδριο τον Φεβρουάριο του 1864. Μετά από δίκη ενώπιον στρατιωτικού δικαστηρίου, ο Φέργκιουσον καταδικάστηκε για τη δολοφονία περισσότερων από 50 στρατιωτών της Ένωσης. Εκτελέστηκε με απαγχονισμό τον Οκτώβριο του 1865.
Ρόμπερτ Κένεντι
Ο Ρόμπερτ Κένεντι ήταν ομόσπονδος αξιωματικός που είχε συλληφθεί από τις δυνάμεις της Ένωσης και φυλακίστηκε στη στρατιωτική φυλακή του Τζόνσον. Η φυλακή βρισκόταν στο Sandusky Bay, που βρίσκεται στην ακτή της λίμνης Erie, λίγα μόλις μίλια από το Sandusky του Οχάιο. Ο Κένεντι διέφυγε από το νησί του Τζόνσον τον Οκτώβριο του 1864, μπαίνοντας στον Καναδά - ο οποίος διατήρησε την ουδετερότητα και στις δύο πλευρές. Ο Κένεντι συναντήθηκε με αρκετούς ομοσπονδιακούς αξιωματικούς που χρησιμοποιούσαν τον Καναδά ως αφετηρία για τη διεξαγωγή πολεμικών πράξεων κατά της Ένωσης. Συμμετείχε σε μια συνωμοσία για να ξεκινήσει πυρκαγιά σε πολλά ξενοδοχεία, καθώς και σε ένα μουσείο και ένα θέατρο στη Νέα Υόρκη, με σκοπό να κατακλύσει τις τοπικές αρχές. Όλες οι πυρκαγιές είτε σβήστηκαν γρήγορα είτε δεν έκαναν καμία ζημιά. Ο Κένεντι ήταν ο μόνος που συνελήφθη. Μετά από δίκη ενώπιον στρατιωτικού δικαστηρίου, ο Κένεντι εκτελέστηκε κρεμώντας τον Μάρτιο του 1865.