Αυτοί οι αλλοδαποί εισβολείς, ή αντιγόνα, περιλαμβάνουν οποιαδήποτε ουσία ή οργανισμό που προκαλεί ανοσοαπόκριση.
Τα αντισώματα αναγνωρίζουν ειδικά αντιγόνα αναγνωρίζοντας ορισμένες περιοχές στην επιφάνεια του αντιγόνου που είναι γνωστές ως αντιγονικοί καθοριστές. Μόλις αναγνωριστεί ο ειδικός αντιγονικός καθοριστής, το αντίσωμα θα δεσμευτεί στον καθοριστή. Το αντιγόνο επισημαίνεται ως εισβολέας και επισημαίνεται για καταστροφή από άλλα ανοσοκύτταρα. Τα αντισώματα προστατεύουν από τις ουσίες πριν από κύτταρο μόλυνση.
Τα κύτταρα του πλάσματος δημιουργούν αντισώματα ειδικά για ένα συγκεκριμένο αντιγόνο. Τα κύτταρα πλάσματος παράγουν τα αντισώματα που είναι απαραίτητα για τον κλάδο του ανοσοποιητικού συστήματος που είναι γνωστό ως το χυμικό ανοσοποιητικό σύστημα. Η χυμική ανοσία βασίζεται στην κυκλοφορία αντισωμάτων σε σωματικά υγρά και ορό αίματος για τον εντοπισμό και την εξουδετέρωση των αντιγόνων.
Όταν ανιχνεύεται ένα άγνωστο αντιγόνο στο σώμα, μπορεί να χρειαστούν έως δύο εβδομάδες προτού τα κύτταρα πλάσματος παράγουν αρκετά αντισώματα για να εξουδετερώσουν το συγκεκριμένο αντιγόνο. Μόλις η μόλυνση είναι υπό έλεγχο, η παραγωγή αντισωμάτων μειώνεται και ένα μικρό δείγμα αντισωμάτων παραμένει στην κυκλοφορία. Εάν αυτό το συγκεκριμένο αντιγόνο εμφανιστεί και πάλι, η αντίδραση του αντισώματος θα είναι πολύ πιο γρήγορη και ισχυρότερη.
Οι δύο ελαφριές αλυσίδες είναι πανομοιότυπες μεταξύ τους και οι δύο βαριές αλυσίδες είναι ίδιες. Στα άκρα τόσο των βαριών όσο και των ελαφριών αλυσίδων, στις περιοχές που σχηματίζουν τους βραχίονες της δομής σχήματος Υ, είναι περιοχές γνωστές ως θέσεις δέσμευσης αντιγόνου.
Η θέση δέσμευσης αντιγόνου είναι η περιοχή του αντισώματος που αναγνωρίζει τον ειδικό αντιγονικό καθοριστή και συνδέεται με το αντιγόνο. Εφόσον διαφορετικά αντισώματα αναγνωρίζουν διαφορετικά αντιγόνα, οι θέσεις δέσμευσης αντιγόνου είναι διαφορετικές για διαφορετικά αντισώματα. Αυτή η περιοχή του μορίου είναι γνωστή ως μεταβλητή περιοχή. Ο στέλεχος του μορίου σχήματος Υ σχηματίζεται από την μακρύτερη περιοχή των βαριών αλυσίδων. Αυτή η περιοχή ονομάζεται σταθερή περιοχή.
Υπάρχουν πέντε κύριες κατηγορίες αντισωμάτων με κάθε κατηγορία να διαδραματίζει ξεχωριστό ρόλο στην ανθρώπινη ανοσοαπόκριση. Αυτές οι κατηγορίες αναγνωρίζονται ως IgG, IgM, IgA, IgD και IgE. Οι κατηγορίες ανοσοσφαιρινών διαφέρουν στη δομή των βαριών αλυσίδων σε κάθε μόριο.
Υπάρχουν επίσης μερικές υποκατηγορίες ανοσοσφαιρινών στους ανθρώπους. Οι διαφορές στις υποκατηγορίες βασίζονται σε μικρές μεταβολές στις μονάδες βαριάς αλυσίδας αντισωμάτων της ίδιας κατηγορίας. Οι ελαφρές αλυσίδες που βρίσκονται στις ανοσοσφαιρίνες υπάρχουν σε δύο μεγάλες μορφές. Αυτοί οι τύποι ελαφριάς αλυσίδας αναγνωρίζονται ως αλυσίδες κάππα και λάμδα.