Με βάση τα αρχαιολογικά ευρήματα, θεωρήθηκε ότι hominid δραστηριότητα στην Ιαπωνία μπορεί να είναι ήδη 200.000 ΠΡΟ ΧΡΙΣΤΟΥ. όταν τα νησιά συνδέθηκαν με την ηπειρωτική Ασία. Παρόλο που μερικοί μελετητές αμφισβητούν αυτή την πρόωρη ημερομηνία για κατοίκηση, οι περισσότεροι συμφωνούν ότι περίπου 40.000 π.Χ. ο παγετός είχε επανασυνδέσει τα νησιά με την ηπειρωτική χώρα.
Πληθυσμός του ομόσπονδου κράτους της Ιαπωνίας
Με βάση τα αρχαιολογικά στοιχεία, συμφωνούν επίσης ότι μεταξύ 35.000 και 30.000 π.Χ. Homo sapiens είχαν μεταναστεύσει στα νησιά από την ανατολική και νοτιοανατολική Ασία και είχαν καλά εδραιωμένα πρότυπα κυνηγιού και συλλογής και εργαλειομηχανών πέτρας. Τα πέτρινα εργαλεία, οι περιοχές κατοίκησης και τα απολιθώματα του ανθρώπου από αυτή την περίοδο έχουν βρεθεί σε όλα τα νησιά της Ιαπωνίας.
Η περίοδος Jomon
Οι πιο σταθερές μορφές διαβίωσης είχαν περίπου 10.000 π.Χ. προς το νεολιθικός ή, όπως υποστηρίζουν ορισμένοι μελετητές, Μεσολιθικά Πολιτισμός. Πιθανώς απομακρυσμένοι πρόγονοι του Ainu αυτοχθόνων της σύγχρονης Ιαπωνίας, μέλη της ετερογενούς κουλτούρας του Jomon (περ. 10.000-300 π.Χ.) άφησε το καθαρότερο αρχαιολογικό αρχείο. Μέχρι 3.000 π.Χ., οι άνθρωποι του Jomon κάνοντας φιγούρες από πηλό και αγγεία διακοσμημένα με μοτίβα που έγιναν με την εντύπωση του υγρός πηλός με πλεγμένο ή χωρίς ραβδί κορδόνι και ραβδιά (Jomon σημαίνει «σχέδια πλεγμένου καλωδίου») με την ανάπτυξη επιτήδευση. Αυτοί οι άνθρωποι χρησιμοποίησαν επίσης εργαλεία με πέτρες, παγίδες και τόξα και ήταν κυνηγοί, συλλέκτες και επιδέξιοι ψαράδες παράκτιων και βαθέων υδάτων. Εξάσκησαν μια στοιχειώδη μορφή γεωργίας και έζησαν σε σπηλιές και αργότερα σε ομάδες είτε προσωρινών ρηχές κατοικίες ή υπόγεια σπίτια, αφήνοντας πλούσια μεσογειακή κουζίνα για σύγχρονη ανθρωπολογική μελέτη.
Μέχρι την ύστερη περίοδο του Ιωάννη, σύμφωνα με αρχαιολογικές μελέτες, σημειώθηκε δραματική μετατόπιση. Η αρχική καλλιέργεια είχε εξελιχθεί σε εκλεπτυσμένη καλλιέργεια ορυζών και κυβερνητικό έλεγχο. Πολλά άλλα στοιχεία του ιαπωνικού πολιτισμού μπορεί επίσης να χρονολογούνται από αυτήν την περίοδο και να αντικατοπτρίζουν μια ανάμικτη μετανάστευση από τη βόρεια ασιατική ήπειρο και τις περιοχές του νότιου Ειρηνικού. Μεταξύ αυτών των στοιχείων είναι η μυθολογία των Shinto, τα έθιμα του γάμου, τα αρχιτεκτονικά στυλ και οι τεχνολογικές εξελίξεις, όπως το lacquerware, η κλωστοϋφαντουργία, η μεταλλουργία και η παραγωγή γυαλιού.
Η περίοδος Yayoi
Την επόμενη πολιτιστική περίοδο, τους Yayoi (που πήρε το όνομά της από το τμήμα του Τόκυο όπου οι αρχαιολογικές έρευνες αποκάλυψε τα ίχνη του) άνθισε μεταξύ περίπου 300 π.Χ. και 250 από το νότιο Kyushu έως το βορρά Χονσού. Ο πρώτος από αυτούς τους ανθρώπους, οι οποίοι πιστεύεται ότι έχουν μεταναστεύσει από την Κορέα στο βόρειο Kyushu και αναμειγνύεται με το Jomon, χρησιμοποίησε επίσης εργαλεία πελεκημένης πέτρας. Αν και η αγγειοπλαστική του Yayoi ήταν πιο τεχνολογικά προηγμένη, ήταν πιο απλά διακοσμημένη από το Jomon ware.
Οι Yayoi έκαναν χάλκινα τελετουργικά μη λειτουργικά καμπάνες, καθρέφτες και όπλα και από τον πρώτο αιώνα Α.Δ. σιδερένια γεωργικά εργαλεία και όπλα. Καθώς ο πληθυσμός αυξήθηκε και η κοινωνία έγινε πιο περίπλοκη, έβαζαν ύφασμα, έζησαν σε μόνιμα γεωργικά χωριά, κατασκευάστηκαν κτίρια ξύλου και πέτρας, συσσωρευμένο πλούτο μέσω ιδιοκτησίας γης και αποθήκευση σιτηρών, και αναπτύχθηκε ξεχωριστό κοινωνικό τάξεις. Η αρδευόμενη καλλιέργεια υγρού ρυζιού τους ήταν παρόμοια με εκείνη της κεντρικής και νότιας Κίνας, η οποία απαιτούσε μεγάλες εισροές της ανθρώπινης εργασίας, η οποία οδήγησε στην ανάπτυξη και τελική ανάπτυξη μιας ιδιαίτερα καθιστική, αγροτική κοινωνία.
Σε αντίθεση με την Κίνα, η οποία έπρεπε να αναλάβει μαζικά δημόσια έργα και έργα ελέγχου του νερού, οδηγώντας σε μια εξαιρετικά κεντρική κυβέρνηση, η Ιαπωνία είχε άφθονο νερό. Στην Ιαπωνία, λοιπόν, οι τοπικές πολιτικές και κοινωνικές εξελίξεις ήταν σχετικά πιο σημαντικές από τις δραστηριότητες της κεντρικής εξουσίας και της στρωματοποιημένης κοινωνίας.
Τα πρώτα γραπτά αρχεία για την Ιαπωνία προέρχονται από κινεζικές πηγές από την περίοδο αυτή. Η Wa (η ιαπωνική προφορά ενός πρώιμου κινεζικού ονόματος για την Ιαπωνία) αναφέρθηκε για πρώτη φορά στην Α.Δ. Οι αρχαίοι Κινέζοι ιστορικοί χαρακτήρισαν τον Wa ως μια χώρα εκατοντάδων διασκορπισμένων φυλετικών κοινοτήτων, όχι του ενιαία γη με 700 χρόνια παράδοση, όπως ορίζεται στο Nihongi, το οποίο θέτει τα θεμέλια της Ιαπωνίας στο 660 B.C.
Οι κινεζικές πηγές του τρίτου αιώνα ανέφεραν ότι οι κάτοικοι Wa ζούσαν με ωμά λαχανικά, ρύζι και ψάρι που σερβίρονται σε μπαμπού και ξύλινους δίσκους, είχαν υποτελείς σχέσεις, εισέπραξαν φόρους, είχαν επαρχιακοί σιταποθήκες και αγορές, χτύπησαν τα χέρια τους στη λατρεία (κάτι που έγινε ακόμα στα ιερά του Σιντό), είχε βίαιους αγώνες διαδοχής, χτίστηκε πήλινα νεκροταφεία και παρατηρήθηκε πένθος. Η Χίμικο, μια γυναικεία κυρία μιας πρώιμης πολιτικής ομοσπονδίας γνωστής ως Yamatai, άκμασε κατά τη διάρκεια του τρίτου αιώνα. Ενώ ο Χίμικο βασιλεύει ως πνευματικός ηγέτης, ο μικρότερος αδελφός του διεξήγαγε κρατικές υποθέσεις, οι οποίες περιελάμβαναν διπλωματικές σχέσεις με το δικαστήριο της κινεζικής δυναστείας Wei (AD 220 έως 65).