Μεταξύ των πολλών επιλογών, αυτοί οι πέντε κηλίδες είναι οι πιο συνήθεις, αρχίζοντας με το βρωμιούχο αιθίδιο, το οποίο είναι το πιο ευρέως χρησιμοποιούμενο. Όταν εργάζεστε με αυτή τη διαδικασία, είναι σημαντικό όχι μόνο να γνωρίζετε τις διαφορές μεταξύ των λεκέδων αλλά και τους εγγενείς κινδύνους για την υγεία.
Το βρωμιούχο αιθίδιο είναι πιθανώς η πιο γνωστή χρωστική ουσία που χρησιμοποιείται για την απεικόνιση του DNA. Μπορεί να χρησιμοποιηθεί στο μίγμα γέλης, το ρυθμιστικό διάλυμα ηλεκτροφόρησης, ή να κηλιδώσει το πήκτωμα μετά τη λειτουργία του.
Μόρια της βαφής προσκολλώνται σε ίνες DNA και φθορίζουν υπό υπεριώδες φως, δείχνοντάς σας ακριβώς πού βρίσκονται οι ταινίες εντός του πηκτώματος. Παρά το πλεονέκτημά της, το μειονέκτημα είναι ότι το βρωμιούχο αιθίδιο είναι πιθανό καρκινογόνο, οπότε πρέπει να χειριστεί με μεγάλη προσοχή.
Η χρωστική SYBR Gold μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να λεκιάσει διπλό ή μονόκλωνο ϋΝΑ ή να κηλιδώσει RNA. Η SYBR Gold χτύπησε την αγορά ως μια από τις πρώτες εναλλακτικές λύσεις για το βρωμιούχο αιθίδιο και θεωρείται πιο ευαίσθητη.
Επειδή ο φθορισμός του μη δεσμευμένου μορίου είναι τόσο χαμηλός, δεν απαιτείται απόχρωση. Οι κάτοχοι άδειας Molecular Probes έχουν επίσης αναπτύξει (από την κυκλοφορία του SYBR Gold) SYBR Safe και SYBR Green που είναι ασφαλέστερες εναλλακτικές λύσεις για το βρωμιούχο αιθίδιο.
Οι λεκέδες SYBR Green I και II (και πάλι, που διατίθενται στο εμπόριο από την Molecular Probes) βελτιστοποιούνται για διαφορετικούς σκοπούς. Επειδή δεσμεύονται στο DNA, εξακολουθούν να θεωρούνται πιθανές μεταλλαξιογόνες ουσίες και γι 'αυτό θα πρέπει να αντιμετωπίζονται με προσοχή.
Το SYBR Green I είναι περισσότερο ευαίσθητος για χρήση με δίκλωνο DNA, ενώ το SYBR Green II, από την άλλη πλευρά, είναι καλύτερος για χρήση με μονόκλωνο ϋΝΑ ή RNA. Όπως και η δημοφιλής χρώση βρωμιούχου αιθιδίου, αυτοί οι εξαιρετικά ευαίσθητοι λεκέδες φθορίζουν υπό υπεριώδες φως.
Και οι δύο SYBR Green I και II συνιστώνται από τον κατασκευαστή για να χρησιμοποιηθούν με "254 nm epi-φωτισμός Polaroid 667 μαύρο και λευκή μεμβράνη και φωτογραφικό φίλτρο SYBR Green γέλης "για να επιτευχθεί ανίχνευση 100 μg RNA ή μονόκλωνου DNA ανά ζώνη.
Το SYBR Safe σχεδιάστηκε για να είναι ασφαλέστερη εναλλακτική λύση για το Βρωμιούχο Αιθίδιο και άλλους λεκέδες SYBR. Δεν θεωρείται επικίνδυνο απόβλητο και μπορεί γενικά να απορρίπτεται μέσω των συνηθισμένων συστημάτων αποχέτευσης (δηλ. Κάτω από την αποχέτευση), επειδή οι δοκιμές τοξικότητας δείχνουν ότι δεν υπάρχει οξεία τοξικότητα.
Δοκιμάστε επίσης υποδηλώνει υπάρχει μικρή ή καθόλου γονιδιοτοξικότητα σε κύτταρα εμβρύου συριακού χάμστερ (SHE), ανθρώπινα λεμφοκύτταρα, κύτταρα λεμφώματος ποντικού ή σημειώνεται στη δοκιμή AMES. Ο λεκές μπορεί να χρησιμοποιηθεί με ένα διαυγαστηριαστή μπλε-φωτός που προκαλεί μικρότερη βλάβη στο DNA που είναι ορατό και προσφέρει καλύτερη απόδοση για την μεταγενέστερη κλωνοποίηση.
Είναι επίσης μια καλή επιλογή εάν χρησιμοποιείτε πηκτές χαμηλής τήξης για την ανάκτηση του DNA. Είναι πολύ σταθερό στις υψηλές θερμοκρασίες και έχει πολύ χαμηλό φθορισμό από μόνο του, αλλά είναι εξαιρετικά φθορίζον όταν συνδέεται με το DNA. Η Eva Green έχει επίσης αποδειχθεί ότι έχει πολύ χαμηλή ή καθόλου κυτταροτοξικότητα ή μεταλλαξιγένεση.