Σε ορισμένες περιοχές, όπως η νότια Ινδία, τα βασίλεια των Ινδουιστών κράτησαν και έστω και ώθησαν ενάντια στη μουσουλμανική παλίρροια. Η υποήπειρος αντιμετώπισε επίσης εισβολές από διάσημους κατακτητές της Κεντρικής Ασίας Τζένγκις Χαν, που δεν ήταν μουσουλμάνος, και Τιμόρ ή Tamerlane, που ήταν.
Αυτή η περίοδος ήταν πρόδρομος της εποχής των Μουγκάλ (1526–1857). ο Αυτοκρατορία Μουγκάλ ιδρύθηκε από τον Babur, έναν μουσουλμάνο πρίγκιπα που κατάγεται από το Ουζμπεκιστάν. Κάτω από τους μεταγενέστερους Μουγκάλ, ιδιαίτερα Ο Akbar ο Μέγας, οι μουσουλμάνοι αυτοκράτορες και οι ινδουιστές τους έφτασαν σε μια άνευ προηγουμένου κατανόηση και δημιούργησαν μια όμορφη και ακμάζουσα πολυπολιτισμική, πολυεθνική και θρησκευτικά διαφορετική κατάσταση.
Το 1206, πρώην Μάμλουκ σκλάβος που ονομάζεται Κουμπουμπουλτίν Αϊμπάκ κατέκτησε τη βόρεια Ινδία και ίδρυσε ένα βασίλειο. Ονομάστηκε σουλτάνος του Δελχί. Ο Aibak ήταν ομιλητής της Κεντρικής Ασίας τουρκικός, όπως και οι ιδρυτές τριών από τα επόμενα τέσσερα σουλτανικά του Δελχί. Συνολικά πέντε δυναστείες μουσουλμάνων σουλτάνων κυβέρνησαν μεγάλο μέρος της βόρειας Ινδίας μέχρι το 1526, όταν
Μπάμπουρ έπεσε από το Αφγανιστάν για να βρει τη δυναστεία των Μουγκάλ.Το 1221, ο σουλτάνος Jalal ad-Din Mingburnu εγκατέλειψε την πρωτεύουσά του στο Σάμαρκαντ του Ουζμπεκιστάν. Η αυτοκρατορία του Khwarezmid είχε πέσει στους προωθούμενους στρατούς του Τζένγκις Χαν και ο πατέρας του είχε σκοτωθεί, οπότε ο νέος σουλτάνος έφυγε νότια και ανατολικά στην Ινδία. Στον ποταμό Ινδό, στο σημερινό Πακιστάν, οι Μογγόλοι έπιασαν τον Μινγκμπούρνου και τα υπόλοιπα 50.000 στρατεύματά του. Ο στρατός της Μογγολίας ήταν μόνο 30.000 ισχυροί, αλλά καρφώθηκαν τους Πέρσες στην όχθη του ποταμού και τους αποδεκατίστηκαν. Μπορεί να είναι εύκολο να λυπάσαι για τον σουλτάνο, αλλά η απόφαση του πατέρα του να δολοφονήσει τους Μογγόλους απεσταλμένους ήταν η άμεση σπίθα που ξεκίνησε τις Μογγολικές κατακτήσεις της Κεντρικής Ασίας και όχι μόνο στην πρώτη θέση.
Η δυναστεία Chola της νότιας Ινδίας είχε μια από τις μεγαλύτερες διαδρομές οποιασδήποτε δυναστείας στην ανθρώπινη ιστορία. Ιδρύθηκε κάποια στιγμή στη δεκαετία του 300 π.Χ., διήρκεσε μέχρι το 1250 μ.Χ. Δεν υπάρχει κανένα ρεκόρ για μια αποφασιστική μάχη. Αντίθετα, η γειτονική Αυτοκρατορία Πάντυαν απλώς μεγάλωσε σε δύναμη και επιρροή σε τέτοιο βαθμό που επισκίασε και σταμάτησε σταδιακά την αρχαία πολιτεία της Τσόλα. Αυτά τα ινδουιστικά βασίλεια ήταν αρκετά νότια για να ξεφύγουν από την επιρροή των μουσουλμάνων κατακτητών που κατέβαιναν από την Κεντρική Ασία.
Το 1290, η δυναστεία Mamluk στο Δελχί έπεσε και η δυναστεία Khilji εμφανίστηκε στη θέση της για να γίνει η δεύτερη από τις πέντε οικογένειες που κυβερνούσαν το Σουλτανάτο του Δελχί. Η δυναστεία Khilji θα παρέμενε στην εξουσία μόνο μέχρι το 1320.
Κατά τη διάρκεια της σύντομης, 30χρονης βασιλείας τους, η δυναστεία Khilji αντιμετώπισε με επιτυχία μια σειρά από επιδρομές από τη Μογγολική Αυτοκρατορία. Η τελική, αποφασιστική μάχη που έληξε τις προσπάθειες της Μογγολίας να καταλάβει την Ινδία ήταν η Μάχη του Τζαλαντάρ 1298, στο οποίο ο στρατός Khilji σκότωσε περίπου 20.000 Μογγόλους και έδιωξε τους επιζώντες από την Ινδία Καλός.
Το 1320, μια νέα οικογένεια μικτού τουρκικού και ινδικού αίματος κατέλαβε τον έλεγχο του Σουλτανάτου του Δελχί, ξεκινώντας την περίοδο της δυναστείας Tughlaq. Ιδρύθηκε από τον Ghazi Malik, η δυναστεία Tughlaq επεκτάθηκε νότια στο οροπέδιο Deccan και κατέκτησε το μεγαλύτερο μέρος της νότιας Ινδίας για πρώτη φορά. Ωστόσο, αυτά τα εδαφικά κέρδη δεν κράτησαν πολύ. Μέχρι το 1335, το Σουλτανάτο του Δελχί είχε συρρικνωθεί πίσω στη συνηθισμένη περιοχή του στη βόρεια Ινδία.
Είναι ενδιαφέρον ότι ο διάσημος μαροκινός ταξιδιώτης Ibn Battuta χρησίμευσε ως qadi ή Ισλαμικός δικαστής στο δικαστήριο του Ghazi Malik, ο οποίος είχε πάρει το όνομα του θρόνου του Ghyasuddin Tughlaq. Δεν εντυπωσιάστηκε ευνοϊκά με τον νέο κυβερνήτη της Ινδίας, αποδοκιμάζοντας τα διάφορα βασανιστήρια που χρησιμοποιήθηκαν εναντίον του άτομα που δεν κατάφεραν να πληρώσουν φόρους, συμπεριλαμβανομένου του ότι τα μάτια τους έσκισαν ή το λιωμένο μόλυβδο χύθηκε λαιμός Ο Ibn Battuta ήταν ιδιαίτερα απογοητευμένος που αυτές οι φρίκης διαπράχθηκαν εναντίον Μουσουλμάνων και απιστών.
Καθώς η εξουσία του Τουγκλάκ εξαφανίστηκε γρήγορα στη νότια Ινδία, μια νέα ινδουιστική αυτοκρατορία έσπευσε να γεμίσει το κενό εξουσίας. Η Αυτοκρατορία Vijayanagara θα κυβερνούσε για περισσότερα από τριακόσια χρόνια από την Karnataka. Έφερε άνευ προηγουμένου ενότητα στη νότια Ινδία, βασισμένη κυρίως στην αλληλεγγύη των Ινδουιστών ενόψει της αντιληπτής μουσουλμανικής απειλής προς τον Βορρά.
Αν και οι Vijayanagara κατάφεραν να ενώσουν μεγάλο μέρος της νότιας Ινδίας, σύντομα έχασαν το εύφορο οροπέδιο Deccan που απλώνεται στη μέση της υποήπειρου από ένα νέο μουσουλμανικό σουλτάνο. Το Μπαλτάνι Σουλτανάτο ιδρύθηκε από έναν Τούρκο αντάρτη εναντίον των Τουγκλάκς που ονομάζεται Αλα-ud-Din Hassan Bahman Shah. Έσπασε τον Δεκάνο μακριά από το Vijayanagara και το σουλτανάτο του παρέμεινε ισχυρό για περισσότερο από έναν αιώνα. Στη δεκαετία του 1480, ωστόσο, το Σουλτανικό Μπαχμάν σημείωσε απότομη παρακμή. Μέχρι το 1512, πέντε μικρότερα σουλτανάτα είχαν σταματήσει. Δεκαπέντε χρόνια αργότερα, το κεντρικό Μπαχμανικό κράτος είχε φύγει. Σε αμέτρητες μάχες και αψιμαχίες, τα μικρά διάδοχα κράτη κατάφεραν να αποτρέψουν την απόλυτη ήττα από την Αυτοκρατορία Vijayanagar. Ωστόσο, το 1686, ο αδίστακτος αυτοκράτορας Όρενγκζεμπ των Μουγκάλ κατέλαβαν τα τελευταία απομεινάρια του Σουλτανάτου Μπαχμάν.
Το Σουλτανάτο των Μαντουράι, επίσης γνωστό ως Σουλτανάτο του Μαμπάρ, ήταν μια άλλη τουρκική κυριαρχική περιοχή που είχε απαλλαγεί από το Σουλτανάτο του Δελχί. Με έδρα πολύ νότια στο Ταμίλ Ναντού, το Σουλτανάτο των Μαντουράι διήρκεσε μόνο 48 χρόνια πριν κατακτηθεί από το Βασίλειο της Βιγιαγιαναγκάρα.
Ο 14ος αιώνας του δυτικού ημερολογίου έληξε με αίμα και χάος για τη δυναστεία Tughlaq του Σουλτανάτου του Δελχί. Ο αιματηρός κατακτητής Timur, επίσης γνωστός ως Tamerlane, εισέβαλε στη βόρεια Ινδία και άρχισε να καταλαμβάνει τις πόλεις των Tughlaq μία προς μία. Πολίτες στις πληγείσες πόλεις σφαγιάστηκαν, τα σπασμένα κεφάλια τους συσσωρεύτηκαν σε πυραμίδες. Τον Δεκέμβριο του 1398, ο Timur πήρε το Δελχί, λεηλάτησε την πόλη και σκότωσε τους κατοίκους της. Οι Tughlaqs παρέμειναν στην εξουσία μέχρι το 1414, αλλά η πρωτεύουσα τους δεν ανέκαμψε από τον τρόμο του Timur για περισσότερο από έναν αιώνα.