Ένας βακτηριοφάγος είναι ένας ιός που μολύνει βακτήρια. Βακτηριοφάγοι, που ανακαλύφθηκαν για πρώτη φορά γύρω στο 1915, έχουν διαδραματίσει ένα μοναδικό ρόλο στη ιολογική βιολογία. Είναι ίσως οι πιο κατανοητοί ιοί, αλλά ταυτόχρονα η δομή τους μπορεί να είναι εξαιρετικά περίπλοκη. Ένας βακτηριοφάγος είναι ουσιαστικά ένας ιός που αποτελείται από DNA ή RNA που περικλείεται μέσα σε ένα κέλυφος πρωτεΐνης. Το κέλυφος πρωτεΐνης ή το καψίδιο προστατεύει το γονιδίωμα του ιού. Μερικοί βακτηριοφάγοι, όπως ο βακτηριοφάγος Τ4 που μολύνει Ε. Coli, έχουν επίσης μια ουρά πρωτεΐνης που αποτελείται από ίνες που βοηθούν να προσκολληθεί ο ιός στον ξενιστή του. Η χρήση βακτηριοφάγων διαδραμάτισε εξέχοντα ρόλο στην αποσαφήνιση ότι οι ιοί έχουν δύο κύριους κύκλους ζωής: τον λυτικό κύκλο και τον λυσογόνο κύκλο.
Οι ιοί που σκοτώνουν το μολυσμένο κύτταρο ξενιστή τους λέγεται ότι είναι μολυσματικοί. Το ϋΝΑ σε αυτόν τον τύπο ιών αναπαράγεται μέσω του λυτικού κύκλου. Σε αυτόν τον κύκλο, ο βακτηριοφάγος προσκολλάται στο βακτηριακό κυτταρικό τοίχωμα και εγχέει το DNA του στον ξενιστή. Το ιογενές ϋΝΑ αντιγράφεται και κατευθύνει την κατασκευή και συναρμολόγηση περισσότερων ιογενών DNA και άλλων ιογενών μερών. Μόλις συγκεντρωθούν, οι ιοί που παράγονται πρόσφατα συνεχίζουν να αυξάνονται σε αριθμούς και να σπάσουν ανοιχτά ή να λύσουν το κύτταρο ξενιστή τους. Η λύση οδηγεί στην καταστροφή του ξενιστή. Ολόκληρος ο κύκλος μπορεί να ολοκληρωθεί σε 20 - 30 λεπτά ανάλογα με διάφορους παράγοντες όπως η θερμοκρασία. Η αναπαραγωγή των φάγων είναι πολύ ταχύτερη από την τυπική αναπαραγωγή βακτηρίων, έτσι ώστε ολόκληρες αποικίες βακτηρίων μπορούν να καταστραφούν πολύ γρήγορα. ο
λυτικού κύκλου είναι επίσης κοινό σε ιούς ζώων.Οι μέτριοι ιοί είναι εκείνοι που αναπαράγονται χωρίς να σκοτώνουν το κύτταρο ξενιστή τους. Θερμικοί ιοί αναπαράγονται μέσω του λυσογόνου κύκλου και εισάγετε μια αδρανή κατάσταση. Στον λυσογόνο κύκλο, το ιογενές ϋΝΑ εισάγεται στο βακτηριακό χρωμόσωμα μέσω γενετικού ανασυνδυασμού. Μόλις εισαχθεί, το γονιδίωμα του ιού είναι γνωστό ως προφίλ. Όταν το βακτήριο ξενιστή αναπαράγεται, το γονιδίωμα του προφίλ αναδιπλασιάζεται και μεταφέρεται σε κάθε βακτηριακό θυγατρικό κύτταρο. Ένα κύτταρο ξενιστή που φέρει ένα προφίλ έχει τη δυνατότητα να λύσει, επομένως ονομάζεται λυσογόνο κύτταρο. Υπό συνθήκες αγχώδους ή άλλες αιτίες, ο προφήτης μπορεί να αλλάξει από τον λυσογόνο κύκλο στον λυτικό κύκλο για την ταχεία αναπαραγωγή των σωματιδίων του ιού. Αυτό έχει ως αποτέλεσμα τη λύση του βακτηριακού κυττάρου. Οι ιοί που μολύνουν τα ζώα μπορούν επίσης να αναπαραχθούν μέσω του λυσογόνου κύκλου. Ο ιός έρπης, για παράδειγμα, εισέρχεται αρχικά στον λυτικό κύκλο μετά τη μόλυνση και στη συνέχεια μεταβαίνει στον λυσογόνο κύκλο. Ο ιός εισέρχεται σε μια λανθάνουσα περίοδο και μπορεί να παραμείνει σε ιστό του νευρικού συστήματος για μήνες ή χρόνια χωρίς να γίνει μολυσματικός. Μόλις πυροδοτηθεί, ο ιός εισέρχεται στον λυτικό κύκλο και παράγει νέους ιούς.
Τα βακτηριοφάγα μπορεί επίσης να παρουσιάζουν έναν κύκλο ζωής ο οποίος είναι λίγο διαφορετικός από τους κύκλους λυτικού και λυσογόνου. Στον ψευδολυσογόνο κύκλο, το ιικό DNA δεν αντιγράφεται (όπως στον λυτικό κύκλο) ή εισάγεται στο βακτηριακό γονιδίωμα (όπως στον λυσογόνο κύκλο). Αυτός ο κύκλος εμφανίζεται συνήθως όταν δεν υπάρχουν αρκετά θρεπτικά συστατικά που να υποστηρίζουν βακτηριακή ανάπτυξη. Το ιικό γονιδίωμα γίνεται γνωστό ως α preprophage που δεν επαναλαμβάνεται μέσα στο βακτηριακό κύτταρο. Μόλις τα επίπεδα των θρεπτικών συστατικών επιστρέψουν σε επαρκή κατάσταση, ο preprophage μπορεί είτε να εισέλθει στον λυτικό είτε στον λυσογόνο κύκλο.