Οι μοριακές ενώσεις περιέχουν δύο ή περισσότερα αμέταλλα (όχι το ιόν αμμωνίου). Συνήθως, μπορείτε να αναγνωρίσετε μια μοριακή ένωση επειδή το πρώτο στοιχείο στο σύνθετο όνομα είναι μη μεταλλικό. Ορισμένες μοριακές ενώσεις περιέχουν υδρογόνο, ωστόσο, αν δείτε μια ένωση που ξεκινά με το "H", μπορείτε να υποθέσετε ότι είναι ένα οξύ και όχι μια μοριακή ένωση. Οι ενώσεις που αποτελούνται μόνο από άνθρακα με υδρογόνο ονομάζονται υδρογονάνθρακες. Οι υδρογονάνθρακες έχουν τη δική τους ειδική ονοματολογία, έτσι αντιμετωπίζονται διαφορετικά από άλλες μοριακές ενώσεις.
Τα μη μεταλλικά στοιχεία μπορούν να συνδυαστούν σε ποικίλες αναλογίες, οπότε είναι σημαντικό το όνομα μιας μοριακής ένωσης να υποδεικνύει πόσες ομάδες κάθε τύπου στοιχείου υπάρχουν στην ένωση. Αυτό επιτυγχάνεται χρησιμοποιώντας προθέματα. Εάν υπάρχει μόνο ένα άτομο του πρώτου στοιχείου, δεν χρησιμοποιείται πρόθεμα. Είναι συνηθισμένο να προθέτετε το όνομα ενός ατόμου του δεύτερου στοιχείου με μονο-. Για παράδειγμα, το CO ονομάζεται μονοξείδιο του άνθρακα και όχι το οξείδιο του άνθρακα.
Μπορείτε να γράψετε τον τύπο για μια ομοιοπολική ένωση από το όνομά της γράφοντας τα σύμβολα για το πρώτο και δεύτερο στοιχείο και μεταφράζοντας τα προθέματα σε δείκτες. Για παράδειγμα, το εξαφθοριούχο ξένιο θα γράφεται XF6. Είναι σύνηθες για τους μαθητές να έχουν πρόβλημα με τη γραφή των τύπων από τα ονόματα ενώσεων ως ιοντικές ενώσεις και οι ομοιοπολικές ενώσεις συχνά συγχέονται. Δεν εξισορροπείτε τα φορτία ομοιοπολικών ενώσεων. εάν η ένωση δεν περιέχει μέταλλο, μην προσπαθήστε να την εξισορροπήσετε!